В 1918 г. в России разразилась Гражданская война. В октябре того же года г. Елабугу захватили белогвардейцы – войска армии адмирала А.В. Колчака. Леонид Говоров и его брат Николай, как бывшие царские офицеры, были принудительно мобилизованы в артиллерийскую батарею 8-й дивизии 2-го Уфимского корпуса, с марта 1919 г. входившего в состав Западной армии. Подпоручики Говоровы участвуют в весеннем наступлении колчаковских войск, в Челябинской и Уфимской операциях, в боях против Красной армии под Златоустом и на Тоболе. Интересный факт: подпоручик Говоров принимал участие в боях против 5-й армии РККА, а в октябре 1941 г. под Москвой, будучи генералом, он станет командующим вновь сформированной, уже советской, 5-й армии. Причем 17-й и 133-й полки 32-й стрелковой дивизии, прибывшие с Дальнего Востока и вошедшие в состав 5-й армии в 1941 г., непосредственно принимали участие в тех боях с Колчаком. Вот такие бывают повороты истории! Год Леонид Говоров провоевал в белой армии. Но цели белогвардейцев в Гражданской войне ему, выходцу из народа, не понятны. Он видит зверства и жесткость, с которыми колчаковцы обращаются с мирными жителями на отвоеванных у Красной армии территориях. Понимая, что воевать приходится с собственным народом, Леонид Говоров, которому тогда было только 22 года, принимает решение оставить свою часть.
В октябре 1919 г. Леонид Говоров бежал из белой армии вместе с частью солдат своей батареи. Вместе с ним бежал и его брат Николай. Скрываясь, они стали пробираться в г. Томск. Большую помощь в этом беглым подпоручикам оказал их родной дядя Алексей Григорьевич Говоров. А.Г. Говоров в 1917-1918 гг. возглавлял Совдеп поселка Юрги (в н.вр. г. Юрга) и пользовался большим авторитетом у местного населения. В 1918 г. он был арестован белыми, осовобожден красными партизанами и в 1919 г. воевал в партизанском отряде. Так, Гражданская война в России разделила многие семьи на красных и белых. К счастью, в нашей семье все, в результате, оказались «по одну сторону баррикад». В Томске Леонид и Николай сразу же оказались в гуще революционных событий. Большевистские лозунги о свободе и равенстве захватили братьев, и они примыкают к революционному движению. В декабре 1919 г. братья Говоровы принимают участие в восстании против белых, при этом Леонид является помощником начальника боевой рабочей дружины.
После прихода в Томск частей Красной армии в январе 1920 г. Леонид Говоров решает добровольно вступить в 51-ю стрелковую дивизию В.К. Блюхера, где ему, как ценному военному специалисту, предлагается сформировать артиллерийский дивизион и стать его командиром. Вместе с Леонидом в ту же дивизию зачисляется и Николай Говоров. В дивизии Николай служит до конца Гражданской войны. В 1923 г. он демобилизуется из армии по состоянию здоровья.
Служба у белогвардейцев, как и то обстоятельство, что Леонид Говоров до 1942 г. не состоял в партии большевиков, в советское время могло стать не только непреодолимым препятствием для успешной карьеры в Красной Армии, но стоить и самой жизни. Но службу в Красной Армии будущий маршал выбрал сознательно и посвятил ей всю свою жизнь.
После укомплектования артиллерийский дивизион Говорова перебрасывается на Южный фронт, в Крым для боев с войсками барона Врангеля. Там Леонид Говоров был дважды ранен. В боях под Каховкой и на Перекопе Леонид Александрович проявил себя как вдумчивый, энергичный и волевой командир-артиллерист. За успешное применение артиллерии против танков и кавалерии Врангеля он был удостоен первой боевой награды – ордена Красного Знамени.